Arrêt maladie en apprentissage : salaire, cours au CFA, démarches

Un apprenti est salarié, donc il peut tomber malade comme n’importe quel salarié. Pendant l’arrêt, la question vient vite : qui paie, et combien ?

Dans cet article, nous faisons le tour de ces questions, des caisses aux démarches, sans oublier les cours au CFA.

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie pour un apprenti ?

Non, un apprenti n’est pas un stagiaire sans droits : il est salarié, lié par un contrat de travail avec son employeur, et suit une formation en alternance au CFA. Il peut donc tomber malade comme tout salarié.

Votre état de santé vous empêche de travailler ? Votre médecin peut alors prescrire un arrêt de travail, comme pour tout salarié. Pour le cadre du contrat, lisez le guide de l’apprentissage.

Ce n’est pas le CFA qui vous verse les indemnités journalières (IJ). C’est la CPAM pour les salariés du régime général, et la MSA pour ceux du régime agricole.

Si l’arrêt fait suite à un accident du travail, il relève d’un autre régime, avec d’autres règles. Pour nous, c’est la première chose à vérifier, avant tout le reste.

Qui peut toucher des indemnités journalières ?

Pour un arrêt de moins de six mois, deux critères ouvrent droit aux IJ, au choix. Le premier : 150 heures travaillées pendant les 3 mois civils ou les 90 jours avant l’arrêt.

L’autre : avoir cotisé sur au moins 12 494,65 € pendant les 6 mois avant l’arrêt. Si vos heures sont rares, c’est elle qui compte. Chez nous, on vérifie d’abord ses heures sur le bulletin de paie.

Un contrat qui vient de commencer ne bloque pas les IJ, parce que la caisse regarde la période de référence avant l’arrêt et retient :

• les heures effectuées pendant cette période, même si le contrat n’a commencé que récemment ;
• les salaires versés sur cette même période ;
• aucune ancienneté minimale dans l’entreprise n’est exigée pour toucher les IJ.

Combien touche l’apprenti et à partir de quel jour ?

La caisse calcule l’IJ ainsi : elle prend la moyenne des salaires bruts des trois mois avant l’arrêt, divise par 91,25, puis garde 50 %.

Prenons un salaire stable de 950 € : l’IJ tourne autour de 15,62 € brut par jour, un montant bien bas. Le plafond, lui, ne joue que si le salaire dépasse 2 613,83 € brut par mois.

Pour un arrêt ordinaire, les IJ ne commencent qu’au 4e jour : les 3 premiers ne sont pas payés. Pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, pas de carence.

Et l’IJ ne remplace que la moitié de votre salaire journalier de base, donc votre paie baisse nettement. C’est peu. Nous ne compterions pas sur elle seule : vérifiez ce que votre mutuelle ou votre employeur ajoute.

Qui complète le salaire pendant l’arrêt ?

Trois sources peuvent payer pendant l’arrêt : la Sécurité sociale avec les IJ, l’employeur avec un complément, et la mutuelle ou la prévoyance.

Le complément de l’employeur exige un an d’ancienneté, un arrêt envoyé dans les 48 heures et le droit aux IJ.

Il commence en principe au 8e jour d’arrêt, sauf si votre convention collective réduit ce délai. Vérifiez-le avant de compter dessus : c’est lui qui fait la différence.

Le taux d’indemnisation change en cours d’arrêt, selon la période où vous vous trouvez.

La mutuelle rembourse vos frais de santé. Un complément de revenu relève plutôt de la prévoyance collective : demandez à votre employeur ses garanties, ses délais et ses montants.

Démarches à faire : de la prescription à l’envoi des volets

Prévenez votre employeur sans délai, dès le premier jour de votre arrêt. Envoyez-lui ensuite l’arrêt dans les 48 heures.

Si le médecin a transmis l’arrêt en ligne à la caisse, envoyez quand même l’exemplaire papier à l’employeur, dans les 48 heures. Si l’arrêt tombe un jour de cours, prévenez le CFA. Chez nous, on n’attend jamais la dernière minute.

Une fois l’arrêt établi, suivez cet ordre :

• Envoyez les volets 1 et 2 à la CPAM ou à la MSA. Depuis le 1er juillet 2025, scans et photocopies ne sont pas acceptés.
• Le volet 3 part à votre employeur, et c’est le plus souvent celui qu’on oublie.
• L’employeur envoie à la caisse une attestation de salaire, qui sert au calcul des IJ.
• Suivez le dossier et les paiements sur ameli, ou auprès de la MSA en régime agricole.

Cours au CFA et présence en entreprise pendant l’arrêt

Pendant un arrêt, les cours au CFA ne se reprennent pas tout seul. Ils font partie du temps de formation couvert par l’arrêt, donc vous ne retournez ni au CFA ni en entreprise de votre propre initiative.

Ça paraît évident, mais on oublie vite. Avant toute activité, demandez au médecin et à la caisse quelles autorisations s’appliquent.

Prévenez aussi le CFA, en plus de l’employeur. Chaque centre a sa procédure : envoyez-lui une copie ou un justificatif selon ce qu’il demande.

Si l’absence se prolonge, demandez à l’employeur et au CFA comment organiser la suite. La durée ne suffit pas à fixer le rattrapage : chaque cas se règle avec eux. Nous, on appellerait le CFA dès le premier jour.

Les cas particuliers : mineur, fonction publique, accident du travail

Un apprenti mineur exerce une activité professionnelle, donc son rattachement comme ayant droit de ses parents cesse.

À 16 ans, il peut demander à devenir assuré autonome. Appelez la CPAM pour faire le point sur son affiliation et sa carte Vitale, puis suivez ses consignes. À notre avis, réglez cela avant le premier arrêt, pas pendant.

Sans numéro de Sécurité sociale, ou si vos droits ne sont pas encore enregistrés :

• Contactez la CPAM ou la MSA, puis envoyez l’arrêt dans les délais.
• Demandez à votre employeur de transmettre l’attestation de salaire.
• Chez un employeur public, restez sur le régime du salarié, avec trois jours de carence, pas sur celui des agents publics.
• Envoyez l’arrêt sous 48 heures : un retard peut bloquer le paiement des IJ.

Vos indemnités viennent de la CPAM ou de la MSA, pas du CFA. Le complément de l’employeur dépend de ses conditions, à vérifier avant d’y compter. Les cours ne reprennent pas seuls : demandez l’autorisation avant toute activité.

Votre prochain pas : prévenez votre employeur dès le premier jour de l’arrêt, puis envoyez-lui l’exemplaire papier dans les 48 heures.

Foire aux questions

Les indemnités journalières sont-elles imposables ?

Oui, sauf celles liées à une affection de longue durée exonérante. Dans les autres cas, la CSG et la CRDS sont aussi prélevées sur vos indemnités, ce qui baisse le montant que vous touchez.

La CSG (contribution sociale généralisée) et la CRDS (contribution au remboursement de la dette sociale) sont des prélèvements sociaux, pas des impôts.

Peut-on reprendre un travail à temps partiel pendant un arrêt maladie ?

Oui, c’est possible, mais seulement avec l’accord de votre médecin. Demandez-le-lui avant de reprendre, même pour quelques heures.

Ensuite, vérifiez auprès de votre caisse les règles d’indemnisation : une reprise partielle a des effets sur vos indemnités, et mieux vaut les connaître avant de commencer.

Le contrat d’apprentissage est-il suspendu pendant un arrêt maladie ?

Oui, pendant la durée prescrite par le médecin, le contrat est suspendu : l’arrêt vous empêche de travailler. Pour savoir comment l’absence joue sur la formation, demandez à votre employeur et à votre CFA.

Un arrêt maladie peut-il être prolongé sans interruption de l’indemnisation ?

Oui, si votre médecin prescrit une prolongation de votre arrêt, l’indemnisation continue sans nouvelle période de carence.

Une reprise de 48 heures au plus entre les deux arrêts ne déclenche pas non plus de carence. Pour nous, c’est le point à connaître avant de reprendre.